- anální fissura
- hemoroidy
- rakovina konečníku
Známým parazitem v konečníku je roup dětský. Vznik hemoroidů může souviset s nevhodnou životosprávou, výskyt roupů s nedodržováním základních hygienických návyků.
Při závažných chorobách nebo úrazech, kdy konečník přestal plnit svoji funkci, je obvykle třeba provést umělý vývod tlustého střeva – stomii.