Autoantigen je obvykle protein nebo komplex proteinů (někdy DNA nebo RNA), který je rozpoznáván imunitním systémem. Tyto antigeny nesmí být za normálních podmínek cílem imunitního systému. Kvůli určitým genetickým a environmentálním faktorům někdy dochází k poruše imunologické tolerance pro daný antigen. Autoprotilátky proti některým autoantigenům jsou proto příčinou mnoha autoimunitních onemocnění.