Střevním mikrobiomem se rozumí škála bakterií, virů, bakteriofágů, plísní, hub a parazitů v útrobách našich střev. Zdravý mikrobiom mívá velkou rozmanitost (diverzitu), tj. obsahuje co nejvyšší počet různých kmenů bakterií a ukazuje se, že čím pestřejší mikrobiom ve střevech je, tím lepší pro nás.