Nukleotidy jsou fosforylované nukleosidy, tedy látky složené z nukleové báze (nejčastěji purinové nebo pyrimidinové), pětiuhlíkatého monosacharidu (ribóza nebo deoxyribóza) a jednoho nebo více zbytků kyseliny fosforečné. Jsou stavebními kameny nukleových kyselin a kofaktorů, které v buňce přenášejí energii, účastní se procesů biologických syntéz (mj. kondenzačních reakcí) a buněčné komunikace.

Názvosloví nukleotidů odpovídá stavbě daného nukleotidu: například adenosinmonofosfát je nukleotid skládající se z adenosinu, nukleosidu tvořeného bází adeninem a ribosou, a jednoho fosfátu.

Umístění fosfátové skupiny v nukleotidech se značí číslicí s čárkou (‚). Například adenosin-3′-monofosfát znamená, že fosfátová skupina je navázána na třetím uhlíkovém atomu ribosy. Nejčastěji je fosforylován uhlík číslo 5, proto se v tomto případě označení vynechává. Adenosin-5‘-monofosfát = adenosinmonofosfát.

Podle toho, zda obsahují nukleotidy ribózu nebo deoxyribózu, se rozlišují:

• ribonukleotidy
• deoxyribonukleotidy

Pro zjednodušení názvosloví byly zavedeny čtyř- nebo třípísmenné zkratky. První písmeno je malé a značí, jestli je součástí nukleotidu ribóza (nepíše se nic) nebo deoxyribóza (malé d). Je-li struktura nukleotidu cyklická, označuje se malým c (cyklický adenosin-3‘,5‘-monofosfát = cAMP) Druhé, velké písmeno označuje druh nukleové báze:

G: guanin

A: adenin

T: thymin

C: cytosin

U: uracil

Třetí a čtvrté písmeno určují počet fosfátových skupin (mono-, di-, tri-) a přítomnost fosfátu (P). Například deoxycytidintrifosfát má zkratku dCTP.

Fosfátové skupiny v nukleosiddifosfátech a nukleosidtrifosfátech jsou navázané jedna za druhou anhydridovou vazbou. Ty jsou schopny přenášet funkční skupiny a při hydrolýze těchto vazeb se uvolní velké množství energie (Δ G < −30 kJ/mol). Proto jsou nukleotidy sloučeninami, které umožňují aktivaci reaktantů a průběh endergonických reakcí.

adenosinmonofosfát AMP	adenosindifosfát ADP	adenosintrifosfát ATP
guanosinmonofosfát GMP	guanosindifosfát GDP	guanosintrifosfát GTP
uridinmonofosfát UMP	uridindifosfát UDP	uridintrifosfát UTP
cytidinmonofostát CMP	cytidindifosfát CDP	cytidintrifosfát CTP

deoxyadenosinmonofosfát dAMP	deoxyadenosindifosfát dADP	deoxyadenosintrifosfát dATP
deoxyguanosinmonofosfát dGMP	deoxyguanosindifosfát dGDP	deoxyguanosintrifosfát dGTP
deoxythymidinmonofosfát dTMP	deoxythymidindifosfát dTDP	deoxythymidintrifosfát dTTP
deoxycytidinmonofosfát dCMP	deoxycytidindifosfát dCDP	deoxycytidintrifosfát dCTP

• aktivní sulfát (adenosin-3′-fosfát-5′-fosfosulfát)
• aktivní methionin (S-adenosylmethionin)
• aminoacyladenyláty
• nikotinamidadenindinukleotid (NAD⁺)
• nikotinamidadenindinukleotidfosfát (NADP⁺)
• flavinadenindinukleotid (FAD)
• koenzym A – tvoří například acetylkoenzym A