Mezi nejčastější vývojové vady patří retence varlat (kryptochorismus). Stav, kdy varle není u novorozence přítomné v šourku, ale nachází se v tříselném kanálu nebo uvnitř břišní dutiny. Tento stav se vyskytuje u 1 % chlapců ve věku jednoho roku a až u 0,8 % dospělých mužů. Stav může být komplikován zaniknutím (atrofizací) tubulů a následně vést až ke sterilitě. Hypoplastická varlata se mohou nacházet například u Klinefelterova syndromu a dalších vrozených syndromů.
Varle se může vlivem vnější síly obtočit okolo vlastní osy a dochází k torzi varlete. Tento stav je velmi rizikový a vyžaduje akutní péči, neboť vlivem zaškrcení cévního svazku, který varle vyživuje, do několika hodin dochází k hemoragickému infarktu, nekróze a tedy odumření varlete.
Ve varleti se může také nacházet patologický obsah, nebo docházet k zánětu (orchitida). K zánětu často dochází vlivem sexuálně přenosných nákaz, nebo virovými nákazami jako jsou příušnice (parotitida).
U mužů je relativně častý výskyt nádorů ve varlatech a tak se doporučuje pravidelné samovyšetření pohmatem a při podezření na nádor vyhledání lékařské péče. Nádory varlat se dělí dle své histologické povahy. V 90 % se jedná o nádory zhoubné povahy.
